Центр эксплуатации объектов наземной космической инфраструктуры (ЦЭНКИ) был создан при Российском космическом агентстве в 1994 г. в соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации от 24 августа 1994 г. № 996 «О мерах по обеспечению выполнения Соглашения между Российской Федерацией и Республикой Казахстан «Об основных принципах и условиях использования космодрома «Байконур» от 28 марта 1994 года».
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 12 декабря 2005 г. № 1442 и постановлением Правительства Российской Федерации от 28 декабря 2005 г. № 823 осуществлена реорганизация ФГУП «ЦЭНКИ» и ФГУП «НИИ ПМ им. академика В.И. Кузнецова» в форме присоединения института к центру. Данное присоединение обеспечило оздоровление экономического состояния института, позволило начать модернизацию его испытательной базы и производства и обеспечить ежегодный выпуск более двух десятков наименований гироскопических приборов и бесплатформенных систем для ракетно-космической промышленности.