ФГУП КЦ «Атомбезопасность» создан в соответствии с приказом Минатома от 17 ноября 1992 г. № 472 по согласованию с Минобороны России (12 ГУ МО) в целях обеспечения выполнения Государственной целевой программы по разработке и оснащению системами безопасности и управления в защищенном исполнении объектов ядерно-оружейного комплекса Минатома и объектов Минобороны России.
15 февраля 2019 г. ФГУП КЦ «Атомбезопасность» реорганизован в форме преобразования в АО КЦ «Атомбезопасность».
В своей деятельности АО КЦ «Атомбезопасность» использует новейшие разработки в области науки и техники, в том числе, в области криптографии и защиты информации.